มหาวิบัติดวงตาถล่มล้างโลก ภาค 2 ในปี 2015 ผู้คนต่างเชื่อกันว่า เคนจิ (โทชิอากิ คาราซาวะ) และผองเพื่อนเป็นผู้ก่อการร้ายที่อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์หุ่นยนต์ออกแพร่เชื้อไวรัสสยองในคืนสิ้นปี 2000 ส่วน เพื่อน ผู้ร้ายตัวจริง กลับกลายเป็นวีรบุรุษผู้กอบกู้มนุษย์ให้รอดพ้นจากวันสิ้นโลก องค์กรเพื่อนกลายเป็นองค์กรที่มีอำนาจสูงสุดของประเทศ โดยเพื่อนอ้างว่าเผ่าพันธุ์มนุษย์กำลังจะสูญสิ้น และผู้ที่อยู่ข้างเพื่อนเท่านั้นจึงจะมีชีวิตรอด ตลอดเวลาที่ เคนจิ หายตัวไป ยูคิจิ (ทาคาโกะ โทคิวะ) รับดูแลหลานสาวของเขาที่ชื่อ คันนะ (อาอิริ ทาอิระ) มาตลอด คันนะ เติบโตขึ้นเป็นสาวน้อยวัยมัธยมที่ยืนกรานอย่างมาดมั่นว่า เคนจิ ไม่ใช่อาชญากรร้าย นอกจากนี้เธอยังให้ความช่วยเหลือผู้ที่กลายเป็นอาชญากรเพราะล่วงรู้ความลับของเพื่อน ทำให้เธอได้พบกับตำรวจนักสืบฝึกหัด โจโนะ (นาโอฮิโตะ ฟูจิกิ) ผู้เอนเอียงมาเป็นฝ่ายเดียวกับเธอ ที่โรงเรียน คันนะ ถูกเพ่งเล็งในฐานะเด็กมีปัญหา ครูจึงส่งตัว คันนะ ไปที่ เพื่อนแลนด์ เช่นเดียวกับ เคียวโกะ (ฮารุกะ คินามิ) เพื่อนร่วมโรงเรียนที่สนใจทำรายงานเรื่องวันส่งท้ายปีเก่านองเลือด ที่เพื่อนแลนด์ คันนะ และ เคียวโกะ ต้องเข้าหลักสูตรศึกษาใหม่ขั้นสูงสุด ด้วยสิ่งประดิษฐ์ที่พาพวกเธอย้อนไปดูอดีตในปี 1971 ยุควัยเด็กของ เคนจิ และผองเพื่อน