ฮีโร่สุดยิ่งใหญ่ของอเมริกากลับมาแล้ว G.I. Joe 2 Retaliation ทว่าครั้งนี้พวกเขาถูกใส่ร้ายในข้อหาอาชญากรรมร้ายแรง หน่วยจีไอโจถูกทรยศและถูกสังหาร และตามไล่ล่า แต่เหลือแค่สามคน อันได้แก่โร้ดบล็อค (ดเวย์น จอห์นสัน), ผู้กองดุ๊ค เฮาเซอร์ (แชนนิ่ง เททัม) และ เลดี้เจย์ (เอเดรนเน แพลิคกี) โดยที่สเนคอาย (เรย์ ปาร์ก) กลายเป็นแพะรับบาปถูกใส่ร้ายว่าเป็นตัวการแล้วเหล่าองค์กรคอบราผู้ร้ายตัวจริงก็เข้ายึดทำเนียบขาว G.I. Joe 2 ผู้ที่รอดชีวิตจึงต้องหาทางช่วยเหลือโดยได้รับช่วยเหลือจากโจ โคลตัน (บรูซ วิลลิส) ผู้ก่อตั้งหน่วยจีไอโจ ในภาคที่ 2 นี้ กลุ่มจีไอโจ ไม่เพียงแต่ต้องต่อสู้กับศัตรูหมายเลขหนึ่งอย่างพวกคอบร้า แต่พวกเขายังถูกบีบให้ต้องรับมือกับภัยคุกคามจากภายในรัฐบาลที่ทำให้สถานะ ของพวกเขาตกอยู่ในภาวะเสี่ยง